Corría la temporada 96/97 cuando un joven sevillano debutaba en Primera División con el Sevilla F.C.  Duró poco en el equipo de su ciudad ya que esa misma temporada con tan sólo 19 años empezó a despuntar y el Atlético de Madrid no dudó en hacerse con sus servicios ese mismo verano.

Sus dos primeras temporadas con el equipo colchonero fueron notables, anotando 9 goles en su primer ejercicio y 16 en el segundo, siendo considerado uno de los mejores fichajes de la temporada en su primer año en el Manzanares.

Pero la llegada de Hasselbaink en la siguiente temporada -con final trágico- le relegó al banquillo. En el invierno de 1999 con 2 goles en sus registros le llegó la oportunidad de su vida: el todopoderoso Milan pagó por él 3.200 millones de las antiguas pesetas -unos 19 millones de euros- y Jose Mari se convirtió en uno de los fichajes más caros y mediáticos de la época. Pese a que en un principio se hizo un hueco en el equipo rossonero lo cierto es que poco a poco fue perdiendo protagonismo en el conjunto lombardo, no respondiendo a lo que se pagó por él. Desde aquí su carrera iría en trayectoria descendente.

Tras 2 años y medio en Milán puso rumbo de nuevo al Vicente Calderón para recalar en el Atleti, esta vez en calidad de cedido tras su retorno a Primera División. 6 goles en esa temporada hicieron que el Villarreal, que estaba construyendo su proyecto, contara con él. Defendió los colores del submarino amarillo durante 4 años llegando a jugar competiciones europeas y luego firmó por el eterno rival del equipo que lo formó; el Betis.

El fichaje de un sevillista por el eterno rival no sentó bien ni a los aficionados del Sevilla, ni a los del Betis. En alguna entrevista tras retirarse Jose Mari reconoció que fue un error fichar por los verdiblancos y que fueron casi 2 años muy duros por los insultos que recibió por parte de aficionados de ambos conjuntos.

Tras su paso por el Betis pondría rumbo a Tarragona, donde jugó en el Nástic una temporada y media en Segunda División y después al Xerez donde jugó 3 temporadas antes de colgar definitivamente las botas.

Hace un par de  años volvió a ser noticia por sufrir un espectacular cambio físico; Jose Mari exhibe por redes sociales un cuerpo hipermusculado repleto de tatuajes, nada que ver con el Jose Mari futbolista que todos conocíamos. Actualmente regenta un restaurante y también se le puede ver algunos jueves comentando los resúmenes de partidos de la Europa League en Bein Sports.